Матрицы весов аминокислотных замен

Множественное выравнивание блока из базы данных BLOCKS, отвечающего белку SYK1_ECOLI

Идентификатор: Lysyl-tRNA synthetase signature
AC блока PR00982D
Ширина: 34
Количество поcледовательностей: 345

*                           O 6 7 2 5 8 | 3 4 8   :   F R N E S V D R T H N P E F T M V E   :   1 8 O 7 4 8 5 8 | 2 8 1   :   F R N E G I D A T H N P E F T S C E   :   1 8 O 8 4 7 8 6 | 2 7 0   :   F R N E G I D R T H N P E F T M I E   :   1 8 O 8 7 8 2 1 | 2 5 5   :   F R N E G V S T R H N P E F T M M E   :   1 8 P 9 4 9 7 4 | 9 2 0   :   F R N E G V D F S H N P E F T L L E   :   1 8 S Y K 1 _ E C O L I   :   F R N E G I S V R H N P E F T M M E   :   1 8 S Y K 2 _ E C O L I   :   F R N E G I S V R H N P E F T M M E   :   1 8 S Y K C _ Y E A S T   :   F R N E G I D M T H N P E F T T C E   :   1 8 S Y K M _ Y E A S T   :   F R N E G I D S T H N A E F S T L E   :   1 8 S Y K _ A C I C A |   :   F R N E G V S T R H N P E F T M I E   :   1 8 S Y K _ B A C S U |   :   F R N E G V S T R H N P E F T M I E   :   1 8 S Y K _ C A E E L |   :   F R N E G I D L T H N P E F T T C E   :   1 8 S Y K _ C A M J E |   :   F R N E G M D L T H N P E F T T I E   :   1 8 S Y K _ C R I L O |   :   F R N E G I D L T H N P E F T T C E   :   1 8 S Y K _ H A E I N |   :   F R N E G V S V R H N P E F T M L E   :   1 8 S Y K _ H E L P Y |   :   F R N E G M D H S H N P E F T M I E   :   1 8 S Y K _ H U M A N |   :   F R N E G I D L T H N P E F T T C E   :   1 8 S Y K _ L Y C E S |   :   F R N E G M D L T H S P E F T M C E   :   1 8 S Y K _ M Y C F E |   :   F R N E G Y D T T H N P E F T T I E   :   1 8 S Y K _ M Y C G E |   :   F R N E G V D T T H N P E F T S I E   :   1 8 S Y K _ M Y C H O |   :   F R N E G V D T T H N P E F T S I E   :   1 8 S Y K _ M Y C P N |   :   F R N E G V D T T H N P E F T S I E   :   1 8 S Y K _ M Y C T U |   :   F R N E G A D S T H S P E F S M L E   :   1 8 S Y K _ S T A A U |   :   F R N E G V S T R H N P E F T M I E   :   1 8 S Y K _ S U L S O |   :   F R N E D I D V T H N P E F T L L E   :   1 8 S Y K _ S Y N Y 3 |   :   F R N E G V S T R H N P E F T S I E   :   1 8 S Y K _ T H E T H |   :   F R N E G I D H N H N P E F T M L E   :   1 8                           F R N E G   d   t H N P E F T     E

Здесь вы видите выравнивание моего блока, но не полностью, а только первые 100 последовательностей. Раскраска приведена в соответствии с четырьмя степенями консервативности Красный — более 80% идентичности Желтый — более 60% идентичности Зеленый— более 40% идентичности Белый — менее 40% идентичности

Веса аминокислотных замен

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественного выравнивания блока PR00982D из базы данных BLOCKS

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественных выравниваний 200 блоков из базы данных BLOCKS

Сравнение весов аминокислотных замен

      К сожалению, в блоке PR00982D нет замен F на W и F на N.
Значения весов замены F на F очень близки.
Значения весов замен F на W и F на N из матрицы BLOSUM62 и из матрицы, основанной на
200 блоках, также весьма близки. Это говорит о том, что мой белок весьма близок к 
другим белкам по своей истории.
Различия же в весах для замены F на W обусловлены, возможно, универсальностью 
матрицы BLOSUM62 и некоторой случайностью в выборке 200 блоков. 
Сравнительно высокий вес замены фенилаланина на триптофан связан с тем, что обе 
аминокислоты ароматические. Но они имеют некоторые принципиальные различия в структуре,
которые могут проявиться в некоторых случаях по-разному. Поэтому вес не настолько высок.
Вес замены фенилаланина на фенилаланин высок, так как наиболее вероятна замена "на себя",
которая не меняет свойства.
Вес замены фенилаланина на аргинин низок, так как они обладают разными свойствами, хотя 
бы по гидрофобности, что говорит о том, что такая замена может привести к летальному
изменению свойств.
	

© Долудин Юрий, 2005